Composante de l’Université de Monastir, la Faculté de Médecine de Monastir a été créée en vertu du décret-loi n°80-6 du 15 août 1980. Elle est une des quatre facultés de médecine que comporte la Tunisie de l’ère nouvelle : Tunis (1964), Sousse (1974), Sfax (1974) et Monastir (1980).

Au cours de l’année universitaire 2008-2009, 1518 étudiants se sont inscrits à la Faculté de Médecine de Monastir, alors qu’ils n’étaient que 45 en 1980-1981.

Au terme de l'année universitaire 2007-2008, 1705 thèses de doctorat en médecine ont été soutenues et le nombre d’enseignants a atteint 240.

La Faculté de Médecine de Monastir a démarré dans un local cédé de l’ancienne caserne et aménagé pour ces débuts. Il comportait un laboratoire d’anatomie et un autre pour la biochimie, une salle spacieuse en guise de bibliothèque et deux autres salles pour les enseignements dirigés.

Actuellement, la Faculté de Médecine de Monastir dispose d’infrastructures modernes dignes d’une faculté de médecine, d’une superficie de 29 238 m2 permettant d’abriter des activités d’enseignement et de recherche, une bibliothèque et des espaces à vocation culturelle et de loisir.